Как известно, меню программ в Linux строится по содержимому каталога /usr/share/applications , где находятся .desktop-файлы (Заодно там можно кое-что похимичить, например укоротить слишком длинные описания
). Однако Wine не записывает ничего из устанавливаемых "в песочнице" приложений. Тем не менее, пункты меню с Wine-программами появляются, как и ярлыки на рабочем столе.